1998年1月14日，浙江绿城足球俱乐部有限公司正式成立，1999年1月22日，绿城乙级队正式组建，并参加了1999中国足球乙级联赛。

2000年11月，浙江绿城俱乐部以2500万元收购从甲A降入甲B的吉林延边敖东队，包括甲B参赛权和15名队员，在此基础上重新组建了绿城足球队，从而获得了参加甲B联赛的资格。

2001赛季甲B联赛绿城队最终以胜6、平10、负6、积28分的成绩名列第8。

2002赛季，绿城参赛队员的平均年龄只有20岁，原国奥队主帅霍顿担任主教练。这一年，被足协处罚后的绿城依靠一帮年轻队员，反而打出了不错的成绩。足协杯他们克上海、胜重庆，最终打进足协杯四强。

甲B联赛2003赛季划上句号，浙江绿城队以26战6胜9平11负积27分，列联赛第10。

2004年，中国足球超级联赛诞生。原先的中国足球甲A、甲B联赛改为中国足球甲级联赛。11月27日，中甲联赛2004赛季落下帷幕，浙江绿城队32战12胜9平11负积45分名列第8。

2005年，中国足协重新开始恢复升降级。绿城仅输掉了五场比赛，最终名列中甲第三名。非常遗憾地和冲超擦肩而过，但这也坚固了球队在2006年的冲超决心。

2006年2月，俱乐部前往巴西挑选外援，堤科和奥兰多来到杭州，前五轮浙江绿城取得联赛5连胜，10月21日，绿城在经历了又一个5连胜后，客场1-1战平河南建业。同一轮广州队意外客场不敌南京，绿城冲超成功

2006年是宋卫平的新高度，也是绿城的新高度。

绿城的首个中超赛季，巴贝绿城房产队最终以28场比赛6胜10平12负积28分排名第11名的成绩，完成了中超首航。

08赛季，杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第9名。

2009年3月，经过董事会讨论决定，将“浙江绿城”更名为“杭州绿城”。获得中超联赛第15名（由于足坛打黑，当年广州、成都降级）。

2010年11月6日，杭州绿城队1-0战胜青岛中能，进军亚冠。2010赛季，杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第4名。

2011年3月1日19时30分，2011年亚冠联赛F组，绿城2-0战胜日本名古屋鲸八队。2011年12月15日冈田武史正式成为杭州绿城俱乐部主教练，这也是绿城历史上的第一位日本籍主帅。

2013年11月5日，由于家庭原因，日本籍主教练冈田武史2014赛季将不会继续担任绿城队主帅，但他和绿城俱乐部关于青训方面的合作还会继续。同日，宋卫平任命杨戟担任绿城队主教练。

2014赛季，年轻的少帅杨戟成功将以青年班为主的杭州绿城队保级。杭州绿城足球俱乐部获得中超联赛第12名。2014年12月2日，中超杭州绿城队官方宣布与法国籍教练特鲁西埃正式签约，特鲁西埃将出任绿城新帅

2015年3月12日，童思敏出任杭州绿城足球供乐部有限公司总经理，全面负俱乐部运管理工作。2015赛季中超联赛，杭州绿城队在积分榜上以8胜9平13负3分的成绩列第11位。

2016年2月22日，杭州绿城俱乐部官方宣布澳大利亚球星卡希尔正式加盟，双方签订了一份为期半年的短期合同。当赛季，绿城不幸降级。

2017赛季，绿城重返中甲。

2018赛季，绿城迎来20周年。

2018赛季排名第三，冲超失败。

2019赛季，回顾赛季初的“冠军”口号，以积分榜第6的排名收官，绿城这个赛季无疑是失败的。

2020赛季球衣