亚泰诞生于1996年初夏的季节，一群十几岁的孩子在老帅倪继德的带领下，在这块贫脊的土地上扎下了根。当年，亚泰人便招兵买马，竖起了俱乐部大旗，并连续参加了1997年、1998年、1999年三年乙级联赛。

2001年，长春亚泰以1个净胜球的优势力压成都五牛获得甲B联赛第2名。但中国足协最终认定其参与了打假球，取消了其升级名额。

2002年，长春亚泰主教练殷铁生及球队10名主力受到中国足协处罚停赛，长春亚泰以8胜4平10负，积28分的成绩获得全国足球甲B联赛第八名。

2003年的11月23日，在长春经开体育场，长春亚泰末代甲B夺冠。但按中国足协的计划，该年是调整年，进入中超的12家俱乐部必须进行严格的考核，暂停升降级，长春亚泰冲超失败。

2004年，中甲联赛有两个升级名额，但这一年国奥队打预选赛抽调了多名长春亚泰主力球员，使长春亚泰实力受影响，积分也被拉开。他们后一阶段奋起直追，但已经无法超越武汉黄鹤楼队和珠海中邦队，再次冲超失败

2005年7月，国奥教练组集体转会到长春亚泰，他们带着曹明、杜震宇等球员打着361的旗帜，最终提前完成了冲超的使命。

2006年，长春亚泰在第一个中国超级联赛赛季中，以13胜7平8负积46分取得了联赛第四名。

2007年11月14日，长春亚泰最后一轮击败深圳上清饮，以16胜7平5负积55分领先北京国安1分夺得中超联赛冠军，成为继大连实德、上海申花、山东鲁能和深圳健力宝后联赛开展职业化以来的第5个冠军。

杜震宇、王栋、宗磊、张笑飞、张宝峰五名队员入选了当时的国家队。

2008年5月22日，长春亚泰在亚洲冠军联赛小组赛最后一轮中，与阿德莱德联0-0打平，虽然3胜3平保持不败，但落后阿德莱德联队2分遗憾出局。

2009年1月，李树斌执教长春亚泰，在球队两大核心杜震宇和王栋长时间因伤缺阵的情况下，李树斌率队夺得当年中国足球超级联赛的亚军。并获得2010年亚冠联赛参赛资格。

2010年3月9日，在亚冠联赛F组比赛中，长春亚泰主场9-0印尼冠军佩西普拉，高健和金尼上演帽子戏法，9-0的比分也创造了中国俱乐部球队在亚冠赛场上的最大胜利。

2011年9月17日，长春亚泰主场2-1力克广州恒大，成为第一支打破广州恒大中甲、中超43轮不败金身的球队。赛季结束，长春亚泰最终获得联赛第七名。

2012年赛季中，长春亚泰客场取得12胜8平10负获得了中超联赛的第六名。

2013年11月3日，中超联赛最后一轮长春亚泰1-0战胜辽宁宏运，而青岛中能0-1不敌北京国安，长春亚泰队力压青岛中能，成功保级。

2014赛季最高光时刻无疑是对卫冕冠军恒大的赛季双杀

2015赛季，长春亚泰用满了5名内援名额，分别引进了杜震宇、韩德铭、邵帅、马晓磊和祝一帆。在内援上，最大的消息是杜震宇的归队。

2016年，长春亚泰足球俱乐部迎来成立20周年，俱乐部将象征亚泰足球20年的“20号”战袍交给了杜震宇，而杜震宇之前一直身披的“8号”战袍则被空出。

2017年1月22日，长春亚泰足球俱乐部官方宣布，球队已经正式签下巴西外援马里尼奥和曾在美国职业大联盟效力的第一位中国球员谭龙，亚泰主场8轮不败且提前4轮保级上岸。

2018年11月11日，中超联赛第30轮大连一方2-0击败长春亚泰，八轮不胜的长春亚泰降入中甲联赛。

2019赛季，直到最后一轮都还有冲超希望，却在客场大败给黑龙江……白白失去重回中超的机会。

这个赛季，吉林虎长春亚泰能重返中超吗？